AVR32 UC3 系列控制器在出厂时在内部Flash 里已经固化了一个USB DFU Bootloader。
Bootloader在使用BatchISP下载方式的情况下，进行“Erase”、“Program”等操作均不会将Bootloader擦除掉。
但若使用JTAG编程模式，JTAG模式编程时将执行芯片的Flash区的全片擦除操作，那将会对擦除Bootloader。
因此，使用了JTAG模式进行编程后，若需要使用BatchISP下载方式，必须重新烧写Bootloader程序。

找到Bootloader程序
每个AVR32系列型号必须使用相应的DFU Bootloader。
这些Bootloader存在于ATMEL提供的“AVR32 UC3 Software Framework”文件包内。
这些文件包可以从网络上下载，下载路径是：http://www.atmel.com/dyn/products/tools.asp?family_id=682#soft
下面直接提供Bootloader固件程序文件，对于文件包的其它文件请用户到EVK3B开发板的相关文件夹进行查找，或自行到上面提及的下载路径进行下载。
UC3BES Bootloader文件：program_at32uc3bes-isp-1.0.0.sh
UC3B Bootloader文件：program_at32uc3b-isp-1.0.2.sh
UC3AES Bootloader文件：program_at32uc3a -isp-1.0.0.sh
UC3A Bootloader文件：program_at32uc3a-isp-1.0.2.sh
说明：
EVK1101使用的是UC3BES Bootloader文件，EVK1100使用的是UC3AES Bootloader文件。
EVK3B使用的是UC3B Bootloader文件，EVK3A使用的是UC3A Bootloader文件。

主要的准备工作
· Bootloader文件（如上）
· Cygwin软件（一个在windows平台上运行的unix模拟环境，点击下载）
· JTAGICE MKII仿真器

使用JTAGICE MKII将Bootloader程序

首先，将JTAGICE MKII连接到PC机，再将JTAGICE MKII连接到EVK3B开发板
打开Cygwin，如下图。

（点击图片放大）

打开相应路径，如下图。（本例子采用的路径是“E:/AVR32”，这个用户需根据实际情况而定。）

（点击图片放大）

cygwin的执行命令是“./”，下面执行“./program_at32uc3b-isp-1.0.2.sh”，执行过程，有显示相关编程过程的相关信息，下载完成后，Bootloader便下载到芯片内部Flash的从0x80000000开始的8KB空间中。

（点击图片放大）